Kaksi mikroskoopin käyttöä:
Biologinen mikroskooppi: Yleisesti ottaen mikroskoopit voidaan jakaa kahteen luokkaan: stereomikroskoopit ja biologiset mikroskoopit. Eri tavoitteiden ja vaatimusten vuoksi on syntynyt monia sivuliikkeitä, mutta perusperiaatteet pysyvät samoina. Polarisaatio, vaihekontrasti, siirto ja putoava valo luokitellaan edelleen biologisiksi mikroskoopiksi.
Stereoskooppinen mikroskooppi: tunnetaan myös nimellä leikkausmikroskooppi, kiinteä mikroskooppi ja stereomikroskooppi, se on mikroskooppi, jolla on monia käyttötarkoituksia. Se on helppo käyttää, ei vaadi korkeat standardit näytteille, sillä on pitkä työetäisyys, ja sillä on vahva kolmiulotteisuus havainnon aikana. Se voi tarkkailla fyysisiä esineitä ja suorittaa joitain operaatioita näytteistä tarkkailun aikana. Toisin kuin biologiset mikroskoopit, jotka vaativat näytteiden viipalointia, viipalointi vaatii vastaavia tekniikoita ja laitteita. Siksi stereomikroskooppeilla on laaja valikoima sovelluksia mikroelektroniikassa, tarkkuuslaitteiden kokoonpanossa ja kunnossapidossa, mikroveistämisessä ja muissa kentissä. Laajasti käytetty biologian ja lääketieteen aloilla anatomisissa operaatioissa ja mikrokirurgiassa (tällä hetkellä luokiteltu kirurgisiksi mikroskoopiksi), sen valonlähde voi käyttää vain kylmiä valonlähteitä (optisia kuituja) biologian ja lääketieteen aloilla; Käytetään teollisuudessa pienten komponenttien ja integroitujen piirien havainnointiin, kokoonpanoon, tarkastukseen ja muuhun työhön.
Metallografinen mikroskooppi: Monet ihmiset haluavat kirjoittaa sen "kultaisena mikroskooppina". Metallografinen mikroskooppi on mikroskooppi, jota käytetään erityisesti läpinäkymättömien esineiden, kuten metallien ja mineraalien metallografisen rakenteen tarkkailuun. Näitä läpinäkymättömiä esineitä ei voida havaita tavallisessa siirtomikroskoopissa, joten tärkein ero niiden välillä on, että entinen käyttää heijastettua valoa, kun taas jälkimmäinen käyttää lähetettyä valoa valaistukseen. Metallografisessa mikroskoopissa valaistuspalkki on suunnattu objektiivilinssistä kohti havaitun esineen pintaa, objektin pinta heijastaa ja palautetaan sitten objektiiviseen linssiin kuvantamista varten. Tätä heijastavaa valaistusmenetelmää käytetään myös laajasti integroidun piirin pii -kiekkojen havaitsemisessa.
