Fluoresenssimikroskooppeja on kahta tyyppiä optisten reittiensä suhteen:
1. Transmissiofluoresenssimikroskooppi: Viritysvalonlähdettä käytetään virittämään fluoresenssi ohjaamalla näytemateriaali kondensaattorilinssin läpi. Voidaan käyttää myös yleisesti käytettyjä tummakenttäkeskittimiä ja tavallisia keskittimiä voidaan käyttää heijastimen säätämiseen ohjaamaan ja sivuttelemaan viritysvaloa näytteeseen. Tämä on suhteellisen vanha-muodikas fluoresenssimikroskooppi. Sen etuna on voimakas fluoresenssi pienellä suurennuksella, mutta sen haittana on, että sen fluoresenssi heikkenee suurennoksen kasvaessa. Siksi se on parempi tarkastella suurempia näytemateriaaleja.
2. Putoavan valon fluoresenssimikroskooppi on uudenlainen nykyaikana kehitetty fluoresenssimikroskooppi. Toisin kuin edellä, viritysvalo putoaa objektiivilinssistä alaspäin näytteen pinnalle käyttämällä samaa objektiivilinssiä kuin valaistuskondensaattori ja objektiivilinssi fluoresenssin keräämiseen. Optiselle tielle, joka on 45 asteen päässä kevyestä uraanista, on lisättävä kaksivärisen säteen jakaja. Kulma, viritysvalo heijastuu objektiiviin ja keskittyy näytteeseen. Näytteen tuottama fluoresenssi sekä objektiivin ja suojalasin pinnalta heijastuva viritysvalo menevät objektiivin linssiin ja palaavat kaksoisvärisäteen jakajaan erottaen viritysvalon ja fluoresenssin. Jäljellä oleva viritysvalo absorboituu sitten estosuodattimeen. Jos käytetään erilaisia virityssuodattimien/kaksoisvärisäteen erottimien/sulkusuodattimien yhdistelmiä, ne voivat täyttää erilaisten fluoresoivien reaktiotuotteiden tarpeet. Tämän fluoresenssimikroskoopin etuja ovat tasainen kentän valaistus, selkeä kuva ja vahvempi fluoresenssi suuremmalla suurennuksella.
