Mikroskoopit antavat tutkijoille mahdollisuuden tarkkailla ja tutkia kohteita, joita ihmissilmä ei pysty havaitsemaan. Kaksi menetelmää mikro-organismien havainnointiin ovat valomikroskopia ja elektronimikroskopia. Optinen mikroskopia käyttää näkyvää valoa mikro-organismien paljastamiseen. Tämä on jokseenkin epäedullista, koska elektronimikroskopit vaativat tyhjiön näytteiden tutkimiseen. Kannettavat ja edulliset valomikroskoopit antavat tutkijoille mahdollisuuden tarkkailla eläviä organismeja. Mutta optisilla mikroskoopeilla on myös omat haittapuolensa.
suurentaa
Optisen mikroskoopin suurennus on noin 2000-kertainen, eikä se voi suurentaa kuin elektronimikroskooppi. Valon suhteellisen pitkät aallonpituudet vähentävät optisen mikroskoopin suurennustehoa, koska valon tarkentamiseen ja levittämiseen tarvitaan pieniä pallomaisia linssejä.
Resoluutio
Optisilla mikroskoopeilla on pienempi resoluutio. Kun taittuneet valoaallot leviävät, tuloksena oleva kuva on epäselvä. Jopa instrumentit, jotka tarjoavat lisälinssejä suurennuksen lisäämiseksi, eivät juurikaan paranna kuvan resoluutiota.
tarkkaile sisäistä rakennetta
Elävien olentojen sisäistä rakennetta on vaikea tarkkailla ilman väriaineita. Elävät näytteet on tapettava ja kiinnitettävä värjäyksen aikana, mikä eliminoi valomikroskopian tavanomaiset edut.





