Fluoresenssimikroskooppeja on kahta tyyppiä niiden optisen polun perusteella
1. Transmissiofluoresenssimikroskooppi: Viritysvalon lähde johdetaan näytemateriaalin läpi kondensaattorilinssin läpi fluoresenssin virittämiseksi. Yleisesti käytetään tummakenttäkerääjää, ja tavallisella keräimellä voidaan myös säätää peiliä niin, että viritysvalo ohjataan uudelleen ja ohitetaan näytteeseen. Tämä on vanhempi fluoresoiva mikroskooppi. Etuna on, että fluoresenssi on voimakas pienellä suurennuksella, mutta haittana on, että fluoresenssi pienenee suurennoksen kasvaessa. Siksi on parempi tarkkailla suurempia näytemateriaaleja.
2. Epi-fluoresenssimikroskooppi on uudentyyppinen fluoresenssimikroskooppi, joka on kehitetty nykyaikana. Erona on, että viritysvalo putoaa objektiivilinssistä alas näytteen pintaan, eli samaa objektiivilinssiä käytetään valaistuksen kondensaattorina ja objektiivilinssinä fluoresenssin keräämiseen. Dikroinen säteenjakaja on lisättävä valopolkuun, joka on 45 asteen päässä kevyestä uraanista. Viritysvalo heijastuu objektiiviin ja kerätään näytteeseen. Näytteen tuottama fluoresenssi ja objektiivin linssin pinnasta ja suojalasipinnasta heijastuva viritysvalo saapuvat objektiiviin samanaikaisesti ja palaavat kaksiväriseen säteenjakajaan viritysvaloksi. Erotettu fluoresenssista , jäännösviritysvalo absorboituu estosuodattimiin. Se voi vastata erilaisten fluoresoivien reaktiotuotteiden tarpeisiin, kuten vaihtamalla eri virityssuodattimen / kaksivärisen säteen jakajan / estosuodattimen yhdistelmään. Tällaisen fluoresenssimikroskoopin etuna on, että näkökentän valaistus on tasainen, kuvantaminen on selkeää ja mitä suurempi suurennus, sitä voimakkaampi fluoresenssi.
