Valo- ja elektronimikroskoopit eroavat toisistaan. Vertaa samanlaisten termien muunnelmia.
Optinen mikroskooppi pystyy näkemään vain tiettyjä solurakenteita, kuten soluseinämiä, kloroplasteja, leimattuja kromosomeja, mitokondrioita, ytimiä jne., kun taas elektronimikroskoopilla voidaan tarkkailla kaikkia solurakenteita. Yksinkertaisesti sanottuna valomikroskooppi voi paljastaa solun mikroskooppisen rakenteen, kun taas elektronimikroskooppi voi paljastaa sen submikroskooppisen koostumuksen.
Suurennus on ensisijainen ero. Riippumatta siitä, kuinka paljon zoomia käytetään, optisilla mikroskoopeilla on suurin suurennus, jota ihmissilmä ei pysty havaitsemaan. y(min)=0.61*aallonpituus / (n*sinu) Maksimi on noin 1,5, vaikka n*sinu olisi upotettu öljyyn, ja loput määrät riippuvat aallonpituuden koosta. Siksi zoomaus on turhaa, koska optisen mikroskoopin suurin suurennus on noin 1000-kertainen. Koska elektronimikroskooppikuvauksessa käytettyjen elektronisuihkujen aallonpituus on huomattavasti lyhyempi kuin näkyvän valon aallonpituus, ne pystyvät ratkaisemaan pieniä yksityiskohtia, mikä mahdollistaa jopa useiden miljoonien suurennusten.
